HLA Class II Nucleotide Sequences, 1992 Steven G. E. Marsh and Julia G. Bodmer

ABSTRACT: The HLA class II sequences included in this compilation are taken from publications listed in these papers: Nomenclature for factors of the HLA system, 1991 [1], Nomenclature for factors of the HLA system, 1990 [2] and Nomenclature for factors of the HLA system, 1989 [3]. Where discrepancies have arisen between reported sequences, the original authors have been contacted where possible, and necessary amendments to published sequences have been incorporated into this align-

ment. Future sequencing may identify errors in this list and we would welcome any evidence that helps to maintain the accuracy of this compilation. In the sequence alignments, identity between residues is indicated by a hyphen (-). An unavailable sequence is indicated by an asterisk (*). Gaps in the sequence are inserted to maintain the alignment between different alleles showing variation in amino acid number. Human Immunology 35, 1-I7 (1992)

CORRECTIONS

2.

DPBI*0101

Since this alignment was last published [4], several errors in the sequences have been brought to our attention and the sequences corrected. 1.

DQBI*0601

codon 51 previously ' A C C ' corrected to ' A C G ' .

From the Tissue Antigen Laboratory, Imperial Cancer Research Fund, London, UK. Address reprint requests to S. G. E. Marsh, Tissue Antigen Laboratory, Imperial Cancer Research Fund, 44, Lincoln's Inn Fields, London WC2A 3PX, United Kingdom. Received September 1, 1992; accepted September 18, 1992.

3.

DPBI*1001

codon rected codon rected codon rected codon rected codon rected

153 previously to 'TTC' 179 previously to ' G A C ' 181 previously to ' C C T ' 214 previously to ' G G C ' 215 previously to ' A T C '

' A T C ' cor' G A T ' cor' T C C ' cor' G G A ' cor' C T C ' cor-

codon 34 previously ' G A A ' corrected to ' G A G '

We would like to thank Dr. Akinori Kimura and Prof. J/irgen Frey for correcting these sequences.

Human Immunology 35, 1-17 (1992) Published by the American Society for Histocompatibility and Immunogenetics, 1992

1 0198-8859/92/$0.00

2

S.G.E. Marsh and J. G. Bodmer

DRA Sequences DRA*0101 DRA*0102

1 i0 20 30 A T C A A A G A A GAA C A T G T G A T C A T C C A G G C C GAG TTC T A T CTG A A T C C T G A C C A A T C A GGC G A G T T T A T G T T T G A C TTT G A T G G T G A T G A G A T T TTC C A T G T G *** **~ * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRA*0101 DRA*0102

40 50 60 G A T A T G G C A A A G A A G G A G A C G G T C T G G C G G C T T G A A G A A T T T G G A C G A T T T G C C A G C T T T G A G G C T C A A G G T G C A TTG G C C A A C A T A G C T G T G GAC A A A GCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRA*0101 DRA*0102

70 80 9O i00 A A C C T G G A A ATC A T G A C A A A G C G C T C C A A C T A T A C T C C G A T C A C C A A T G T A C C T C C A GAG G T A A C T G T G C T C A C G A A C A G C C C T GTG G A A C T G A G A GAG C C C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ii0

DRA*0101

120

130

DRA*0102

A A C G T C C T C ATC T G T T T C A T C G A C A A G TTC ACC C C A C C A G T G G T C A A T G T C A C G T G G C T T C G A A A T G G A A A A C C T GTC A C C A C A GGA G T G T C A G A G A C A G T C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRA*0101 DRA*0102

140 150 160 170 T T C C T G C C C A G G G A A GAC CAC C T T T T C C G C A A G T T C C A C T A T C T C C C C T T C C T G C C C TCA A C T G A G GAC G T T T A C GAC T G C A G G GTG G A G C A C T G G GGC T T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRA*0101 DRA*0102

180 190 200 G A T G A G C C T C T T CTC A A G CAC T G G G A G T T T GAT G C T C C A A G C C C T C T C C C A G A G A C T A C A G A G A A C G T G G T G T G T GCC C T G G G C C T G A C T G T G G G T CTG G T G ................................................................. T. . . . . . . . . . . . . . .

DRA*0101 DRA*0102

210 220 230 G G C A T C A T T A T T G G G A C C A T C T T C A T C A T C AAG G G A G T G CGC A A A A G C A A T G C A G C A G A A C G C A G G G G G C C T C T G TAA ............................. T. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

HLA Class II Nucleotide Sequences, 1992

3

DRB Sequences 1

l0

DRBI*0101

GCG

GAC

DRBI*0102

.

.

DRBI~0103 DRBI*I501

. .

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.

ACC

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20

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DRBI*0302

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DRBI*0303

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DRBI*0407

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DRBI*0410

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DRBI"0411

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G ....

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DRBI*0412

***

"**

***

***

***

***

....

A

CA-

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DRBI*II011

. . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . .

DRBI*II012

. . . . . .

A . . . . . . . . . . . . .

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DRBI*II042

. . . . . .

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DRBI*I202

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. . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . .

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.

DRBI*I302

. . . . . . .

A . . . . . . . . . . . .

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DRBI*I303

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DRBI*I304

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DRBI*I305

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DRBI*I403

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DRBI*I404

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DRBI*I407

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DRBI*I408

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DRBI*I409

***

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.

DRBI*I410

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. . . . . . . . . .

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DRBI*0801

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---

DRBI*08022

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***

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DRBI*08032

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***

***

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T-C

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***

***

***

***

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***

***

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***

DRBI*09012

. . . . . . . . . .

DRBI*I001

..........

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***

***

***

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***

* . . . . . . . . .

***

.........

C-

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.

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DRBI*I405

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DRB3*0301

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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C-

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DRB4*0101

. . . . . . . . . .

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GC . . . . .

G-

DRB5~0101

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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DRB7

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DRB9

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.

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DRB6*0101

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G

.

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.

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-

- -

.

.

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C

- -C

---

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T-

A-

-G

. . . .

C

DRB3*0201

A . . . . . . . . . . . .

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.

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- -C ---

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---

.

63

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C

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.

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.

.

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.

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.

.

.

C .

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. .

T

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.

.

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C

.

.

.

T . T

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.

.

.

.

.

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.

.

.

.

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.

.

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. .

.

.

.

.

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.

.

.

.

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.

.

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. .

.

.

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.

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.

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.

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.

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.

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.

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . .

.

.

.

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.

.

.

.

A . . . . . . . . . . . .

.

.

.

.

. . . . . .

.

.

.

.

. . . . . . .

.

.

.

.

DRBI*II02

.

.

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.

.

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.

.

.

--G

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.

.

.

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.

.

.

.

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.

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.

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.

.

.

.

.

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.

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

.

. .

.

.

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

.

. .

.

30

GGG

.

.

DRBI*0401

***

.

.

.

.

DRBI*0403

***

.

AAT

.

.

DRBI*0402

***

.

.

.

.

-

.

.

.

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.

.

.

. . . . . . .

.

.

C . . . . . . .

.

DRBI*0301

***

.

.

.

DRBI*I602

***

.

G

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.

.

C ....

.

ACG

.

C . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . .

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C . . . . . . .

* . . . . .

C-

TTT .

. . . . . . . . . . . . . . . . . ***

.

TTC

.

***

***

.

.

DRBI*I503 DRBI*I601

.

CGT

.

DRBI*IS02

***

.

.

-

GG

-GG

4

S . G . E . Marsh and J. G. Bodmer

DRB Sequences 40 DRBI*0101

GAG

DRBI*0102

.

DRBI*0103

.

DRBI*I501

.

DRBI*ISO2

.

GAG .

TCC

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

GTG

CGC

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

AGC

.

.

.

.

GAC

.

.

. .

50

TTC

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

GTG

.

.

.

.

GAC

.

.

.

.

.

.

.

.

.

GGG

.

.

.

.

.

.

.

GAG .

.

.

.

.

TAC .

.

.

.

.

DRBI*I602

.

.

.

.

.

DRBI*0301 DRBI*0302

-

-

-

DRBI*0401

.

. AA

.

AA

.

AA

.

-

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A .

.

.

.

.

.

.

DRBI*0404

. . . . . . .

DRBI*0~07

-

DRBI*0408

. . . .

DRBI*0409

-

DRBI*0410

. . . .

DRBI"0411

.

DRBi*0412

-

DRBI*II011

-

DRBI*II012

A . -

.

.

.

-

A . . -A

-

.

.

.

.

DRBI*II02

-

-

-

-

-

-

•

. . . .

DRBI'I202

-

DRBI*I301

-

--

A

.

.

.

.

-

.

.

A .

.

.

.

.

.

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.

.

.

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.

.

.

.

.

. .

.

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.

.

.

CGG

.

.

.

.

.

.

.

.

GGG

.

.

.

.

CTG

.

.

.

.

GAG

.

.

.

.

DRBI*I410

.

.

.

DRBI*0701

.

GAT

.

.

.

.

.

.

.

.

GCC .

.

. .

AA

.

.

.

.

.

-

.

A

.

AA

.

.

AA

.

.

T-

DRB5*OI02

--

DRB5*020] DRB5*0202

--

-

DRB6*0201

. . . .

DRB6*0202 DRB7

A

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

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.

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.

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.

.

.

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.

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.

.

.

.

.

.

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.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

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.

.

.

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.

.

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.

. .

.

.

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.

.

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.

. . .

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.

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. .

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. C .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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C

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.

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. .

-

T

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. .

. .

-

T

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.

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.

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.

.

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. .

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.

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C . .

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C .

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C

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C

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C

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C .

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. --G

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

C . .

.

.

.

.

AGC

.

.

.

.

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.

.

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.

.

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.

.

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DRB3*0101

.

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DRBI*08032

-

.

.

.

. .

.

.

DRBI*0804

-

.

.

. .

.

.

T .

DRBI*08021

-

.

. .

.

.

T-

DRBI*09011

.

.

.

.

A .

DRBI*I001

.

. .

.

.

. . .

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.

.

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.

. . .

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. . .

.

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DRBI*09012

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.

. .

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DRBI*0801

-

.

.

.

.

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.

.

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.

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.

.

. . . .

.

.

. .

.

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DRBI*I406

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.

.

.

AA

. . . . .

DRB9

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

C

.

DRBI*I405

DRBI*I408

.

A

.

.

.

A

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. .

.

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. . .

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DRBI*I402

. .

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.

T . .

.

.

.

.

. .

.

.

.

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.

.

.

.

. .

.

.

.

. .

.

.

.

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DRBI*I40i

.

.

.

. . .

.

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. . .

.

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.

.

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.

T . T .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. .

. .

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

. . .

DRBI*I306

DRBI*I407

. . .

DRBI*I305

DRBI*I404

. . .

.

. .

.

A .

AA

. . . . .

DRBI*I403

.

A

--

.

DRBI*I304

.

.

. .

-A

. . . . .

DRBI*I201

. .

.

A .

-A

-

DRBI*II03

DRBI*I302

. .

.

-A . . . . .

DRBI*II042

.

A

-

. .

.

. .

.

.

.

.

.

A .

. . . .

DRBI*0405

.

.

.

-

.

.

.

DRBI*0403

DRBI*0406

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A .

.

.

DRBI*0402

DRBI'I303

.

.

60

GTG

T-

DRB]*I601

DRBI*II041

GCG

.

.

. .

DRBI*I503

DRBI*0303

CGG

-

A

G

A

G-

A

C -

A

A

C -

-

T-

HLA Class II Nucleotide Sequences, 1992

5

DRB Sequences 70 DRBI*0101

GAG

80

CAG

AGG

DRBI*0102

CGG

.

DRBI*0103

A

G

C

GC

DRBI'IS02

GC

D R B ] * I S 0 3

GC

A

G

C

DRBI*I602

A

13

C

DRBI*0301

GCG

.

.

GTG .

GAC

.

GA

DRBI*]501

DRB]*I601

GCC

.

.

.

.

.

.

.

.

A

G

CG

A

G

CG

A

CG

A G

C

GA

.

.

.

.

DRBI*0406

.

.

.

.

. .

-

D R B I * 0 4 0 8

.

D R B I * 0 4 0 9

A

D R B I * 0 4 1 0

.

D R B I * S 4 1 1

.

.

.

.

.

-

-A

A

G

C

-

CT

DRBI*II011

A

G

C

.

DRB!*II012

A

G

C

DRBI*]I02

A

G-C

DRBI*II03

A

G

C

.

.

.

.

GA .

DRBI*!I041

A

G

C

.

.

DRB!*iI042

A

G

C

.

.

DRBI'I201

A

G

C

-

.

A

G

C

A

G

C

GA

D R B I ~ 1 3 0 2

A

G

C

GA

.

D R B I * 1 3 0 3

A

G

C

-k

.

DRBI*[304

A

G

C

G~-

DRBI*I306

A

G

DRBI*I4Ol

-

-

C

.

.

A

G

DRBI*I405

g

DRBI*I407 -

DRBI*I409

.

DRBI*I410

.

-

.

CT

.

. -

.

.

-

A .

.

.

A

-

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

. .

.

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TG

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.

. .

.

.

.

. .

.

.

T

.

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.

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.

.

.

CGA .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

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.

TG TG

.

.

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.

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.

.

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.

.

.

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TG

.

.

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.

.

.

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.

.

.

.

. .

.

A

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.

.

CGG

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

--

-

G

.

.

A

-

. .

.

.

.

-

G

. .

.

.

--

. .

.

CAG

.

.

.

.

T .

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

. .

.

.

.

. .

. .

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.

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.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

. .

.

.

.

G

DRBI*I408

.

--

C G

. .

.

.

.

D R B I * 1 4 0 4

.

. .

.

.

C

.

. .

.

G

DRBI*i402 D R B ] * 1 4 0 3

.

. .

.

.

.

.

.

GTG

.

.

TG

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

C

DRBI*I301

.

.

.

. . .

.

.

.

.

.

. .

.

.

i00

ACA

TG

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

GA

.

.

. . .

.

.

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TG

.

.

.

.

.

.

.

.

AGC

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

GAG

TG

TG

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

DRBI*0412

•

. .

.

.

GGT

C

-

.

.

.

.

GTT

.

-

.

.

A

.

.

.

.

GGG

.

.

-

. -

.

.

.

.

TG

.

.

.

. A

.

.

-

.

.

. --

DRBI*0407

DRBI*I202

. .

.

TAC

.

-

.

. A

DRBI*O404 DRBi*0405

.

.

.

.

A

. .

.

.

.

A

.

AAC

.

-

DRB]*0302

A

.

.

.

DRB]*030~

DRBI*0403

CAC

.

.

90

AGA

.

-

G

DRBI*0402

TGC

.

A

DRBI*@401

TAC T

C

-

ACC

.

.

. .

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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TG .

.

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TG

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. .

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***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

**"

***

***

***

***

***

ORB1*0701

---

G-C

. . . . . . .

G-

CA . . . . . . . . . .

GTG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

C-T

---

G . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*0702

---

G-C

. . . . . . .

G-

CA . . . . . . . . . .

GTG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

C-T

---

G . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*0801

--A

G-C

. . . . . . . . .

CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

***

***

DRBI*08021

--A

G-C

. . . . . . . . .

CT

C

C-T

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*08022

--A

G-C

. . . . . . . . .

CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

C-T

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*08031

--A

G-C

. . . . . . . . .

CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

***

***

***

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*08032

--A

G-C

. . . . . . . . .

CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*0804

--A

G-C

. . . . . . . . .

CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*0805

--A

G-C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

***

~**

***

***

. . . . . . . . . . . . . .

***

***

***

***

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***

***

***

C

C-T ***

***

C-T

. . . . . . . . . . . . . . . .

***

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C-T

---

G . . . . . . . . . . . . . .

C-A

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

C-T

---

*** C

***

***

***

***

***

***

***

*** ** ***

. . . .

G . . . . . . . . . . .

G . . . . . .

DRB3*01Ol

. . . . . . .

A . . . . .

. . . . . . . .

AT

DRB3*0201

. . . . . . .

A . . . . .

G-

CA . . . . . . . .

AT

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

C-T

---

C . . . . . . . . . . . . . .

DRB3*0202

. . . . . . .

A . . . . .

G-

CA

. . . . . . . .

AT

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

C-T

---

C . . . . . . . . . . . . . .

G-

CA . . . . . . . .

AT

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . .

A . . . . .

A . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . .

. . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

***

C

***

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

DRBI*IOQI

DRB3*0301

GTG

***

G

***

DRBI*09011

T

A . . . . . . . . . .

*** TG

**~

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G-

G . . . . . . . . . . .

CG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

TG

T . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . .

TG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

C-T

---

TG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

C-A

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRB4*0101

. . . .

DRB5"0101

--A

G-C

DRB5*0102

--A

G-C

DRBS*02Ol

......

GC

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C-

-TG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRB5*0202

......

GC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C-

-TG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRB6*0101

---

G--

-AT

A-

AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T--

DRB6*0201

---

G--

-A . . . . .

A-

AA-

A .....

GA

. . . . . . . . . .

T . . . .

T

. . . . . . . . .

TTTT

DRB6*0202

---

G--

-A . . . . .

A-

AA-

A .....

GA

. . . . . . . . . .

T . . . .

T

---

TTTT---

DRB7

. . . . . . .

DRB8

***

***

***

DRB9

-GC

TGC

TT .....

.....

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.....

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

....

A . . . . . . . . ***

***

GT

AA

. . . . . . . ***

-GT

A-

--A

. . . . . . . . . . . . . .

***

***

***

***

***

***

.........

T ***

TT ....................

A ..... . . . . . . .

***

***

CT-

T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

***

TG ***

C-

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . ***

..... ***

*** A

***

***

***

TG-

***

***

. . . . . . . . . . . . . . . . . . ***

TT . . . . . . . . . .

***

***

T-C

A . . . .

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***

C-T

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

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. . . . . . . . . . . . . . . . . .

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C . . . . . .

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*** C

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A . . . . . .

C

**

*~*

***

***

***

***

***

***

***

**"

**w

***

***

***

***

***

6

S . G . E . Marsh and J. G. Bodmer

DRB Sequences ll0 DRBI*0101

CCT

TCA

DRBI*0102

AAG

.

.

ACC

.

.

CAG

.

DRBI*0i03

.

DRBI*I501

.

.

.

DRBI*I602

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

CTG

.

.

DRBI*040]

.

.

***

G .

.

DRBI*0404

-

G .

.

DRBI*0406

---

G .

.

.

.

***

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

DRBI*II03

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

CTG

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

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.

.

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. .

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.

.

.

.

TCT

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

CGG

.

.

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GGC

.

.

T

.

--

T ....

.

T-

--

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

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.

.

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.

.

.

.

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.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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T

.

T

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

T

.

T

.

.

.

.

.

.

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.

T

.

.

T

.

.

.

T

***

***

***

DRBI*]401

***

***

"**

*'*

***

***

***

***

***

***

***

***

***

*'*

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBI*I405

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBI*I406

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

"**

***

***

***

***

***

***

DRBI*I407

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBI*I408

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBI*08021

.

DRBI*08022

.

DRBI*08031

.

DRBI*0804

***

DR81*09011

.

.

.

.

-

--

.

G

.

DRBS'0202

.

.

.

--

DRB6*0201

---

DRB7

......

.

.

.

.

G-

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

. .

.

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.

.

T

.

.

T

.

.

.

.

.

. .

.

. .

. .

.

.

.

.

.

A . .

. .

A .

.

.

.

.

.

.

.

.

GA

.

.

.

.

.

A

.

. .

.

. .

.

. .

.

.

.

CT

T

. .

. .

. .

. .

. .

. .

. .

.

.

.

-

AG

.

. .

. .

. .

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

G

. .

.

.

....

. .

. .

. .

. .

.

. .

.

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-

-C . . . . .

.

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.

G ....

.

.

.

.

.

.

.

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.

C .

.

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. .

T

. . . . . A ....

.

A . . . . A-

. .

.

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.

.

T

.

.

***

.

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. . . .

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---

T

***

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.

....

T

.

. .

. .

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T

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.....

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A .

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T

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A

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A

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***

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***

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A

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A

G .

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G .

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A .

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.

A . . .

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T .

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***

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***

.

T .

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***

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.

T

T

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A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

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--

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A T .

.

---

G

G .

.

.

G -G .

.

.

.

.

....

G

.

.

.

.

.

.

-G

G .

.

.

.

. .

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***

.

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.

.

--T

.

G---

.

***

. .

.

G--

-

DRB2

DRB8

.

. .

G . .

.

-

.

. .

***

G .

DRB5*0102 DRB5*0201

.

G .

- -

. .

G-C

DRBI*I001

DRB3*0301

.

.

***

--

DRB3*0202

.

. .

DRB3*0201

DRBS*0101

.

.

.

DRB3*0101

DRB4*0101

.

.

.

......

***

.

.

.

***

.

.

---

***

.

.

T

.

***

.

.

***

*'*

.

.

.

***

. .

***

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***

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. ***

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. ***

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. ***

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.

--

*'*

.

.

. ***

A .

.

.

.

***

A .

CAG

.

.

T ....

.

.

TTC

.

.

.

.

.

.

.

.

.

TGG

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

***

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***

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***

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***

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. .

T

.

.

.

.

.

.

. .

T

A

.

.

.

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***

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***

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.

AGG

***

.

.

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.

.

GTC

***

-G

.

.

.

GAA

***

--T

.

.

.

.

ATT

*'*

--T

.

.

.

. .

AGC

***

-

.

.

.

.

.

GGC

***

C

.

.

.

.

CCA

***

G-C

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

TAT

DRBI*I303

G

.

.

.

TTC

.

DRBI*0702

.

.

. .

GGT

DRBI*I301

DRBI*0701

.

.

.

.

. .

.

.

***

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

130

AGT

. .

.

.

.

. ***

.

.

.

.

.

.

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.

***

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***

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.

GTG

.

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.

TGC

.

.

.

.

***

.

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***

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***

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.

GTC

. T

.

.

***

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. .

. .

.

CTC

. .

.

.

.

AAC

.

.

.

.

***

.

.

.

.

DRBI*I201

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

***

.

DRBI*II011

.

.

***

.

.

.

.

.

.

***

DRBI*0403

.

.

G **"

.

CAC

.

.

.

.

.

.

.

CAC

.

.

.

.

.

.

.

.

120

CAG

.

.

DRBI*0301 DRBI*0302

DRBI*li02

.

.

.

DRBI'I601

DRBI*0402

.

.

DRBI*IS02

CCC

.

A-

-~T

A-

--T

.

.

.

-

T

T

-

---

--.

.

HLA Class II Nucleotide Sequences, 1992

7

DRB Sequences 140

GAG

DRBI~0103

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*I501

. . . . . . . . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

. . . . . . . .

DRBI*I502

. . . . . . . . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

. . . . . . . . .

DRBI*I601

. . . . . . . . . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*I602

. . . . . . . . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*0301

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*0302

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*0303

***

DRBI*0401

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*0403

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*0404

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI'0406

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*0408

***

***

DRBI*II011

. . . . . . . . .

***

***

***

GGG

***

*-*

GTG

***

*"*

GTG

TCC

***

***

***

***

ACA

GGC

***

***

***

***

CTG

***

***

ATC

CAG

***

AAT

***

***

***

***

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

C

GGA

GAT

***

***

TGG

***

***

***

. . . . . . . .

C

DRBI*II02

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . .

C

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . .

C

DRBl*l1042

***

DRBI*I201

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*I301

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

"**

***

***

***

***

***

***

***

G

***

***

***

. . . . . . . . . . .

***

***

***

TTC

***

***

DRBItlI03

***

ACC

CAG

***

***

ACC

***

***

CTG

***

***

GTG

170

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

**"

GCT

160

GAA

DRBI*0102

***

AAG

150

DRBI*0101

***

***

ATG

***

***

CTG

***

***

GAA

***

***

***

***

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

ACA

***

***

.

.

.

.

GTT

***

***

.

.

CCT

.

.

.

***

***

.

.

GGA

GAG

***

***

***

***

***

***

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T-C

GTT

. . . . . . . . . .

***

***

.

AGT

A

***

***

.

CGG

***

.

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

*'*

***

***

***

***

***

***

***

***

C

. . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

***

***

***

***

***

***

***

***

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

'.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

DRBI*1304

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

**"

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBI*1305

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBI*1402

***

"**

***

***

***

***

***

***

**~

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBI*1404

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

**"

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBI*1405

***

***

***

"**

***

"**

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBl*1406

***

***

***

"**

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBI*1407

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBI*1408

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBI*0701

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

--

DRBI*0702

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

--

DRBI*08021

. . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . .

DRBI*08022

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*08031

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*09011

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*I0Ol

. . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . .

G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRB3*0101

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRB3*0201

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

....

G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

DRB3*0202

. . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

. . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

DRB4*0101

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRB5*0101

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

. . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

DRB5*0102

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

. . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

DRB5*0201

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRB5*0202

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

DRB2

. . . . . . . . . . . . .

C . . . . . .

C

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DRB6*0201

. . . . . . . . . . . . .

C . . . . . .

C

....

T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRB7

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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DRB8

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DRB3*0301

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8

S . G . E . Marsh and J. G. Bodmer

DRB Sequences 180

DRBI*0101

TAC

ACC

TGC

CAA

GTG

DRBI*0102

.

.

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DRBI*0103

.

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DRBI*IS01

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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GAG

. .

. .

. .

CAC

. .

. .

. .

CCA

. .

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.

.

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. .

. .

. .

190

GTG

. .

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DRBI*0406

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

C .

DRBI*0407

***

***

***

D R B I * 0 4 1 0

***

***

***

***

.

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DRBI*II011

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D R B I * l l 0 2

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . .

A

.

.

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.

DRBI*II03

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

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A

.

.

.

D R B I * l l 0 4 1

***

***

***

***

DRBI*I201

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

D R B I * 1 2 0 2

***

***

***

DRBI*I301

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

D R B I * 1 3 0 3

***

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***

DRB1*1306

***

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***

D R B l * 1 4 0 2

***

***

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D R B I * 1 4 0 3

***

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D R B l * 1 4 0 6

***

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***

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.

DRBI*08021

.

.

.

.

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.

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.

.

.

.

DRBI*09011

.

.

.

.

DRBI*I001

.

.

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.

.

.

.

DRB3*0202

.

DRB4*0101

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBS*0101

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

.

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.

. .

.

.

.

.

.

.

DRB5*0201

.

.

.

DRBS*0202

.

.

. .

.

. . .

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.

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DRB3*0201

.

.

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DRB3*0101

.

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***

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***

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***

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. ***

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***

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.

. *'*

.

.

.

.

.

*'*

***

***

.

. .

.

***

***

***

.

.

***

***

***

**-

.

.

.

D R B I * 0 4 1 1

***

***

***

.

.

.

***

D R B l * 0 4 1 2

***

***

***

.

.

***

.

C

.

***

.

.

***

.

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

A

***

.

.

***

***

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

***

GGG

.

DRBI*0404

.

.

***

GTC

.

DRBI*0403

.

A

***

.

.

.

.

.

.

***

.

.

.

.

A

-

***

.

.

.

.

.

***

.

.

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***

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***

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***

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***

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***

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.

***

.

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.

.

***

.

.

.

.

***

.

***

.

.

C .

***

.

.

GGA

C

***

.

***

.

AGT

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

CTG

***

.

.

. .

DRBI*0401

.

***

.

.

.

DRBI*0303

.

***

.

.

.

--r

.

***

.

.

.

.....

.

***

.

.

.

.....

.

***

.

.

.

C

.

***

.

.

.

ATG

C

.

***

.

.

.

AAG

C

.

***

.

.

.

AGC

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

***

.

.

.

CAG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

***

.

.

.

GCA

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

***

.

.

.

TCT

DRBI*0302

.

***

.

.

.

GAA

DRBI*0301

.

***

.

.

.

TCT

DRBI*I602

.

***

.

.

.

CGG

.

***

.

.

.

200

GCA

DRBI*I601

***

.

.

.

AGA

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ***

.

TGG

***

***

A

.

.

ACA

DRBI*IS03

***

.....

.

.

CTC

DRBI*I502

***

C

.

.

CCT

.

.

. .

.

.

. .

.

. .

.

.

. .

....

HLA Class II Nucleotide Sequences, 1992

9

DRB Sequences 210 TTC

GGC

DRBI*0102

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

DRBI*0103

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

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.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. . ***

.

. . ***

DRBI*I501 DRBI*IS02 DRBI*IS03

***

GTG

CTG

--T

.

--T

. . . . *** ***

***

.

.

GGC

220

DRBI*0101

CTG

.

.

.

. . ***

.

CTC

.

.

TTC

.

. . ***

CTT

.

GGG

.

.

. . ***

GCC

.

.

. . ***

.

GGG

. . ***

CTG

.

.

. . ***

.

TTC

.

ATC

.

.

.

.

.

. . ***

.

.

.

.

.

. . ***

.

.

.

.

.

230

TAC

.

. .

.

TTC

.

.

.

.

. . *.*

.

. .

.

.

.

.

. . ***

AGG .

.

.

.

. . ***

AAT

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

CAC

.

.

.

. . ***

.

.

.

. . .

.

. .

. . ***

AAA

.

. .

. . .

. . ***

GGA .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. . ***

CAC

.

.

.

.

. .

. ***

TCT

.

.

.

. .

.

GGA

. .

.

.

.

.

. . ***

.

.

. . ***

CTT .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. . ***

CAG

. .

.

.

. .

. . ***

CCA

.

.

.

.

. .

. .

. ***

.

ACA

.

.

.

.

.

.

. . .

. . ***

GGA .

.

.

.

.

.

. . ***

.

TTC

CTG

AGC

TGA

***

***

***

. .

.

.

.

.

.

. . ***

***

DRBI*I601 DRBI*I602 DRBI*0301 DRBI*0302

-

- -T

-

.

--T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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. .

.

.

G .

.

G .

.

.

.

.

.

.

. . . . . . . . . . .

DRBI*0303 .

DRBI*0401 DRBI*0402 DRBI*0403

.

.

*** .

.

.

***

.

. .

DRBI*0404

.

.

***

.

.

.

.

.

.

.

.

.

*** .

.

.

.

***

.

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.

***

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*.*

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**.

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,**

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.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

***

***

***

.

DRBI*0405 DRBI*0406

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

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.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

DRBI*0407 DRBI*0408 DRBI*0409

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

,**

***

***

*.*

***

***

***

.*.

***

***

.**

***

***

***

***

***

***

.**

***

***

***

***

**.

***

***

***

**..**

***

**.

***

**.

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

*,*

***

**,

***

***

***

***

***

***

***

***

***

.**

*.*

. ***

***

.**

G ***

. . . . . . . . *** *** *** **.

***

DRBI*0410 DRBI*0411 DRBI*0412 DRBI*II011 DRBI*II012 DRBI*II02

. . . . T *** *** -

--T

DRBI*II03

--T

. . ***

.

.

.

.

.

. . ***

.

. . ***

. . .**

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

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.

. . ***

.

. . ***

.

.

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.

.

. . ***

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.

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.

.

. . ***

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.

.

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.

. . *** .

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. . ***

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. . ***

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. . ***

. . ***

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. . *** .

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. . .** .

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. . *** .

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. . *** .

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. . *** .

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. . . . . ,** ***

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.

.

.

.

.

.

. . ***

.

.

.

.

. . *.*

.

.

.

.

.

.

.

. . ***

.

.

.

G

.

.

G

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

. .

. .

. .

.

DRBI*II041 DRBI*II042 DRBI*I201

**.

***

....

*** T

***

.**

***

***

***

***

**..**

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

.**

***

.**

***

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G .

..* .

***

.

.

.

.

*** .

.

*** .

.

*** .

DRBI*I202 DRBI*I301 DRBI*I302 DRBI*I303 DRBI'I304

. . .**

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

. ***

***

***

G ***

. . ***

. . ***

. . ***

. . ***

***

***

.

***

. . . . *** *** ***

. . *** ***

.

***

.**

.

*.*

***

.

***

. ***

.

***

***

.

***

***

.

***

. . . . *** *.* ***

. . *** ***

.

***

***

.

***

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.

***

. ***

.

***

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***

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***

***

***

***

.**

.

*,*

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***

***

***

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***

***

*,*

***

***

***

***

**.

***

***

***

***

***

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***

***

***

***

***

***

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***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

***

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***

***

***

*.*

***

***

***

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***

**.

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

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***

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***

***

***

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***

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***

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***

***

***

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***

***

***

***

***

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***

***

***

***

***

***

***

***

*.*

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

*.*

***

.**

***

***

***

***

***

***

***

***

***

.**

*.*

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DRBI*I305 DRBI*I306 DRBI*I401 DRBI*I402 DRBI*I403 DRBI*I404 DRBI*I405 DRBI*I406 DRBI*I407 DRBI*I408 DRBI*I409 DRBI*I410

DRBI*0701

--

DRBI*0702

....

-

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRBI*0801 DRBI*08021

.... T *** **.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . *** *** *** *** *** *** **. *** *** *** *** *** *.* *** *** *** *** *** *** *** .** *** *** *** *** *** *.* *** ***

.....

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.....

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

DRBI*08022 DRBI*08031 DRBI*08032 DRBI*0804 DRBI*0805 DRBI*09011 DRBI*09012 DRBI*I001

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRB3*0101 DRB3*0201 DRB3*0202

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ..... ***

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** ***

***

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C--

T . . . . . . . .

***

***

***

DRB3*0301 DRB4*0101

....

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

. . . . . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . .

G

. . . . . . . . . . . . . .

C-~

G . . . . . . . .

DRB5*0102

.....

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

. . . . . . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . .

G

. . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . .

C--

G . . . . . . . .

DRBS*0201

.....

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

. . . . . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . .

G

. . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . .

C--

G . . . . . . . .

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

. . . . . . . . . . . .

A . . . . . . . . .

G

. . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . .

C--

G . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C-G

-**

DRBS*0101

DRBS*0202

DRB2

....

A-A

....

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A . . . . . . .

. . . . T *** *.*

A-A ***

C

. . . . . . . . .

A ....

......

DRB6*01QI DRB6*0201

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . *** .** *** *** *** *** ***

***

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . *** *** *.* *** *** *** *** *** *** *** *** *** *.* *** *** *** *** ***

***

C . . . . . . . . . . . *** *** *** ***

DRB6"0202 DRB7

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DRB8

. . . .

DRB9

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

A

. . . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . . C . . . . . .

A ....

10

S . G . E . Marsh and J. G. Bodmer

DQAI Sequences 1

I0 GAC

ATT

GTG

GCT

GAC

CAC

GTT

TCT

TGT

GGT

GTA

AAC

TTG

TAC

CAG

TTT

TAC

30

GAA

DQAIW0102

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*0103

. . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*0104

-

DQAI*0201

.

.

DQAI'03011

.

.

T

GCC

20

DQAI'0101

GGT

CCC

TCT

GGC

CAG

TAC

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

ACC

CAT

GAA

TTT

GAT

GGA

GAT

.

.

.

.

.

DQAI*0302

***

.*,

.

.

.

.

.

.

.

DQA]*03012

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***

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C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

AC

. . . . . . . . . . . . .

C-

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AC

.

AC

.

T

AC

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.

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.

.

.

. .

. .

.

.

.

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A .

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A .

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C

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DQAI*05011

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GAC

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C

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.

C . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

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DQAI*0104

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*0201

. . . .

T

DQAI*03011

. . . .

T

DQAI*03012

-

DQAI*0302

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DQAI*0401

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DQAI'050]I

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.

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ACT

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.

.

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T-

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T-

.

.

.

.

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G

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T-

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T

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G .

.

G . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . .

DQAI'060I

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

CGG

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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TT-

DQAI*050]2

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TGG

. . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*05013

.

GCC

TGG

CCT

.

.

.

GAG

G

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T-

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T

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AGC

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T

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T-

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CT-

T . . . .

T-T T

CTCT

--

-T ....

T-T

-

-

-T ....

A-

-

T-

T-

A

--

T-

G .

AA--

--

70

AAA

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GGA

GGT

-

TT

C ....

TT

C ....

-TT

C

-

-T . . . . .

TT

C-

T . . . .

TT

C

T-T

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AAC

TTG

AAC

TTT

GAC

CCG

CAG

GGT

GCA

CTG

ATG

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A

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C ......

C

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A

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A-A

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C

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TT . . . . . . . .

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C

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C

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C

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A

TT . . . . . . . .

C ......

C

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C

A . . . . . . . . . . . .

A

TT . . . . . . .

C ......

C

.....

C

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C . . . .

A .

A

TT . . . . . . . .

C ......

C

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ACC

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-

.

.

.

.

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.

.

.

.

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. . . . . . . . . . . . . . . .

CT . . . . .

T

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CT . . . .

T

. . . . . . . .

DQAI'0401

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GAG

"**

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CCT

100

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C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . . . . .

G . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . .

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DQAI*05011

CT . . . . CT . . . .

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GT

C . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

. . . . . . . . .

GT

C . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . .

GT

C . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*0101

GGT

DQAI'0102

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

--T

110 CCC

AAC

ACC

CTC

ATT

"**

"'*

***

"'*

***

"*"

***

"**

**"

120

TGT

CTT

GTG

GAC

AAC

ATC

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G

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**"

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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*05012

CAG

CCC

G . . . . . . . . . . .

T

CCT

CCT

GTG

C

C . . . .

C--

90

TAC

.....

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--A

---

.

.

GCA

CT . . . . .

GTG

-G

DQAI*0102

DQAI*03011

GC~

C--

DQAI*0101

DQAI*0201

C-

C-

80

AAA

---

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

--T

.

.

GAG

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TTC

.

AAG

C-C

60

DQAI*0103

A

C--

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ***

C-C--

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

50 AGG

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DQAI*0102

.

GAG

. . . . . . . . .

C

DQAI*010]

.

CTG

.

--T

T . . . . . . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

40

DQAI*03012

GAG

-G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*0401

DQAI*0104

GAG

T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

GTC

"**

**"

"*"

*'"

130 AAC

ATC

ACA

TGG

CTG

AGC

AAT

GGG

CAG

TCA

ACA GAA

GTC

GGT

G'f']~ T C T

A .......

DQAI*0201

. . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*030]]

. . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*0302

.

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . .

C

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI'0401

. . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI'05011

.

T . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*05013

. . . . . . . . .

T ....

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*0101

GAG

DQAI°0102

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI"0]03

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.

.

.

.

.

.

.

140

DQAI*0201

ACC

AGC

150

TTC

.*..**

CTC

,,*

TCC

***

AAG

*.*

AGT

.**

GAT

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CAT

TCC

**..**

TTC

,**

TTC

*,.

AAG

**.

***

160 ATC

AGT

.**

TAC

,,*

CTC

,*,

**.

ACC

TTC

CTC T

,**

.,*

,*.

GCT

170

CCT

TCT

--C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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***

GAT

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GAC

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.**

AAG

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***

***

GAG

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DQAI*0302

.

DQAI*0401

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI'05011

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . .

G

....

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQA]'05013

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . . .

G

....

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

180 TGG

DQAI'0102

GGC

CTG

GAC

CAG

CCT

CTT

CTG

AAA

CAC

190 TGG

GAG

CCT

GAG

ATT

CCA

GCC

CCT

ATG

TCA

200 GAG

CTC

ACA

GAG

ACT

GTG

GTC

TGC

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*0201

. . . . . . . . .

DQAI'03011

.

DQAI'0302 DQAI*0401

***

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*0301I

DQAI"0101

CAC

.

.

.

.

.

.

.

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CTG

GGG

TTG

TCT

T

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

T

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-A

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

T

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-A

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

.........

. . . . . . .

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

.........

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

.........

DQA]*05013

-

--A

. . . .

DQAI'0101

GGC

CTC

DQAI*0102

......

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*0103

"'*

***

DQAI*0201

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQAI*03011

210

***

GTG

GGC

***

ATT

*'*

GTG

"**

220 GTG

"**

GGC

ACT

"**

GTC

TTC

ATC

***

ATC

*'*

"'"

GTT

***

GGT

***

GCT

"'*

TCC

"**

AGA

*'*

CAC

***

CAA

GGG

***

***

CCA

***

TTG

TGA

*'*

***

.....

G

.......

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G

--C

.....

G

.......

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . .

DQAI*0302

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G

--C

.....

G

-**

DQAI*0401

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

"'*

TCA

--C

DQAI*05013

"'*

230 CGT

G

*--

***

CTG

*'*

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

*'*

GGC

***

DQAI*05011

*''

CAA

-G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

.....

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

. . . .

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

.....

G

C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

GTG

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

. . . . . . . .

DQAI*05011

A

GCC T

-

-

-

HLA Class II Nucleotide Sequences, 1992

11

DQBI Seqnences 1

10 GAC

DQBI*0502

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQBI*05031

.

DQBI*0504

**.

.

.

.

CCC

.

,,*

.

GAG

.

***

.

GAT

.

***

.

.

***

TTC

.

.

*.*

GTG

.

.

TAC

.

***

.

CAG

.

***

.

.

***

.

.

*,,

.

.

,*.

DQBI*0603

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQBI*0604

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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DQBI*0501

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. . . . . . . . . .

DQBI*05031

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. .

.

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.

.

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C-

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.

A .

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A .

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.

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40

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DQBI'0601

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GAC

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GTG

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T

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. . . . . .

T

. . . . .

80

.

.

. .

.

.

.

.

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.

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T ......

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T .

DQBI*0603

......

A .........

GA-

T ......

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQBI*0604

---

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GA-

T . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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.

.

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.

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.

.

.

.

.

.

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---

A--

A ........

GA-

T ......

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G

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.

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A ........

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T .....

C . . . . . . . . . . . . . . .

C--

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---

.

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C

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-A . . . . . . . . . . . . . . . .

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. . . . . . . . . . .

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TCG

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.

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DQBI*0402

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AC-

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**"

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.

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. .

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. .

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.

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.

.

.

. .

ACA

.

. .

.

.

.

.

.

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.

.

120

AAC

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.

.

***

. .

.

GTG

.

**" .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQBI*05032

.

. .

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T-

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A--

AGG

.

T . . . . . . .

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.

---

DQBI*0502

.

. . . . . . . .

DQBI*0304

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.

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. .

GCG

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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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.

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A

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.

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. .

DQBI*05031

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. .

.

.

C . .

. .

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.

. .

.

.

.

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.

.

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.

.

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. .

C

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.

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.

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.

.

.

.

. .

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

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.

. .

.

.

.

.

.

.

. .

.

. .

. .

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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. .

A

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.

GAA

. .

.

.

.

.

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. .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

.

90 CAC

. .

-

.

.

.

CAG .

. .

.

.

.

AGC .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

AAC

. .

GAG

.

.

.

-

DQBI'0502

.

.

.

.

-

DQBI'0501

A--

. .

.

.

T

.

.

.

-AC

..........

AGA

.

.

. .

.

T .

TGG

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.

-CC

. . . . . . . .

.

.

T

.

.

.

.

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DQBI*0401

.

.

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. .

.

.

.

.

T

. .

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.

.

.

.

.

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. .

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.

.

.

. .

---

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C

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.

.

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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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.

.

.

.

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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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.

.

. .

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.

.

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. .

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. .

.

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. . . . . . . .

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.

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.

.

.

.

.........

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.

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.

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.

. . . . . . . . . .

.

-

.

.

.

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. .

. .

.

.

.

. .

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.

. .

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.

DQBI*03032

70

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DQBI*03031

A

.

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T . .

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

GCG

. .

A

.

. . . . . . . . . . . . . . .

CA

CGG

A A

CT-

.

CA

...........

GCC

CTCT-

.

.

CAC

T

T

.

...........

DQBI*0302

. . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

DQBI*0301

T

.

T

--G

. . . . . . . .

.

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.

T

.

.

.

.

G

.

.

.

.

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

.

.

CGG .

.

. .

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

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.

.

.

.

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.

.

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. .

.

.

.

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C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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.

.

.

. .

.

.

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.

C

CAG

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. . . . . . . . .

GGG

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.

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.

.

.

.

.

T

.

.

C

.

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T

.

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.

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GTG

60

GTG

. . . . . . . . .

--

.

.

.

.

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G~T

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.

.

.

.

..........

-A

.

.

CGG

.

.

.

C

.

.

.

DQBI*0605

DQBI*0201

.

.

DQBI*0604

. . . . . . . .

. .

.

.

DQBI*0603

DQBI*0606

. .

.

. .

.

.

.

.

.

A

. .

.

.

. .

. .

GTG

.

. .

.

. .

.

.

. .

.

. .

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.

.

.

.

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.

. .

. .

. .

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G

--G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . .

.

.

.

.

.

.

GAG

50

TTC

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DQBI*0504

.

.

.

.

.

.

. .

. .

.

.

.

•.

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.

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

ACG

T .

.

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.

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GGG

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.

.

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TTC

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DQBI'0401

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A

DQBI*0304

.

A .

A

.

TAC

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DQBI*03032

.

A .

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TGC

.

**4

.

DQBI*0302

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.

C-

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***

.

. . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ***

CTG

T . . . . . . . . .

DQBI*0201

DQBI*03031

.

***

......

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

GGC

.

DQBI*0602

.

CT

AAG

DQBI*0601

DQBI*0605

C . . . . . . . . . . . .

TTT

30

AGA

.

TCT

20

DQBI*0501

.

12

S . G . E . Marsh and J. G. Bodmer

DQBI Sequences 14o DQBI'0501

GAG

DQBI*0502

.

GAG .

ACA

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

CTC

.

.

.

.

.

.

.

.

.

GGT

.

GAC

.

.

.

.

.

TGG

.

.

.

.

TTC

.

.

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.

.

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CAG

.

.

.

CTG

.

.

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.

.

.

.

.

.

CTG

.

.

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***

***

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***

.

.

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A .

DQBI*0302

A

DQBI'03032

DQBI*040]

---

***

***

DQBI*0402

.

.

.

.

.

A-T

.

***

***

A-T

.

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.

.

.

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. .

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.

.

.

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. .

.

***

.

.

.

.

***

.

.

. .

.

.

***

T

.

***

.

.

.

.

.

.

.

***

.

.

.

.

.

.

. .

.

***

.

T

.

T

***

.

T T

-

***

.

.

.

.

.

.

.

***

.

. .

.

.

.

.

***

.

.

180 DQBI*0501

TAC

ACC

TGC

CAC

DQBI*0502

.

DQBl'05032

***

***

DQBI*0504

***

***

DQBI*060I

.

***

***

"**

***

.

GTG

.

.

***

.

DQBI*0604

.

DQBI*0201

.

.

DQBI*0302

.

DQBI*0402

.

DQBI~0501

GGC

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

"**

"**

***

***

.

.

.

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.

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.

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.

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. .

.

.

.

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.

***

***

***

.

.

.

.

.

.

TTC .

GTG .

CTG

.

DQB]*0601

.

.

DQBI*0602

.

.

.

.

***

DQB]*0201

DQBI*0302

DQBI*0402

*'*

.

.

***

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

***

***

.

.

.

.

.

.

.

.

.

CTT .

GGG

.

.

C

.

.

.

.

TTC .

***

.

.

.

.

.

.

.

ATC

.

.

.

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.

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.

.

.

.

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.

.

***

.

.

.

.

.

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***

.

.

.

.

***

.

A-

.

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.

.

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.

.

.

.

.

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.

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.

.

GAA

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.

.

TCT

.

***

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.

.

CAG

.

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GGC

.

.

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G ***

.

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G

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ATC

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C

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G

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C

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ATC

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.

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C

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C

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.

C

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-A .

.

.

.

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.

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.

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. . . .

C

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.

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.

.

C

. . . . .

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.

GGA

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***

***

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.

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GTT

.

.

.

.

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. .

.

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.

.

.

.

.

.

.

CTG

.

GGC

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.

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***

.

.

.

***

.

.

CTG

.

***

.

.

.

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***

.

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.

AAG

.

A

.

GGG

.

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.

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.

A .

.

***

-

CGG .

***

***

.

.

A

.

.

A-

AGT

.

***

-A-

.

230

CGT .

AGC

.

.

A

.

GCC

.

**"

.

.

TCT

.

.

.

.

--C C

***

.

***

***

C

200 CAG

.

.

.

.

.

.

***

.

.

.

.

.

. .

.

***

.

.

. .

.

***

.

220

CTG

.

.

.

DQBI*0604 DQBI*0605

GGG .

*** ***

.

.

T

210

DQBI*0502

.

.

GCT

.

***

.

.

T

.

"** .

.

.

.

-

A .

.

CGG

.

*** .

.

TGG

.

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.

GAG

.

.

.

.

GTG

.

.

.

A

.

.

*'*

.

.

ACC

.

.

.

.

ATC

.

***

.

.

.

.

.

***

.

.

CCC

.

"** .

.

AGC

.

***

.

.

.

.

.

*** .

.

CAG

.

***

.

. .

.

.

190

CTC

.

.

.

.

.

.

.

.

.

AGC

.

.

.

.

CCC .

.

.

.

.

.

.

.

.

CAC

.

***

.

DQBI*0602

GAG .

.

.

***

.

.

.

.

***

.

. .

.

***

.

.

.

.

"**

.

.

.

.

.

GTC

.

***

--

.

.

GAT

***

T

.

GGA

.

.

.

.

CAG

.

***

.

.

CCC

.

.

.

.

ACT

.

.

.

.

ATG

.

.

.

.

GAA

.

***

.

.

.

.

.

17o

ATG

.

***

.

T

GTG

.

***

.

....

ATC .

***

.

-T

.

.

T

--

ACC

.

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.

T

.

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.

.

.

i~o

AAC

.

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.

.

.

.

T

.

AGG

.

T

.

.

ATT

.

***

.

.

CCC .

***

T

.

.

***

DQBI*0301

.

.

ACC

.

DQBI'0606

--

.

TCC

.

D Q B I ' 0 6 0 5

DQBI*0201

.

GTG

.

.

.

.

GTT

.

T

.

DQBI*0604

GGC

.

DQBI*0601 DQBI'0602

iso

GCC .

A

A-

.

.

A

---

HLA Class II Nucleotide Sequences, 1992

13

DPA1 Sequences 1

10

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPAI*0201

GCG

GAC

CAT

GTG

TCA

ACT

TAT

GCC

~CG

TTT

GTA

CAG

ACG

CAT

AGA

CCA

ACA

30

ATC

DPAI*0103 DPAI*0102

AAG

20

DPAI*0101

GGG

GAG

TTT

ATG

TTT

GAA

TTT

GAT

GAA

GAT

GAG

ATG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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---

AT

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***

"**

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***

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---

AT

.

.

.

.

.

C

DPAI*0301

**"

"**

***

*''

"'*

***

***

"**

***

---

AT

.

.

.

.

.

C

DPAI'040]

***

"'*

***

***

*'*

***

***

***

"**

.

.

.

DPAI*0101

GAT

CTG

GAC

AAG

AAG

GAG

ACC

GTC

TGG

CAT

DPAI'0103

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPAI*0102

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

.

.

DPAI*0201

. . . .

DPAI*02021

T

--.

.

--A

T .

.

.

.

. .

. .

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

A--

A

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

.

.

-A

.

.

.

.

.

.

.

. . . . . . .

.

.

G

GAG

GAG

TTT

GGC

.

.

.

. . . . .

50 CTG

.

.

T

GCC

TTT

TCC

TTT

GAG

GCT

CAG

GGC

GGG

CTG

GCT

AAC

ATT

GCT

ATA

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

.

. .

. .

. .

. .

. .

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

. .

. .

.

.

ATC

CAG

CGT

TCC

AAC

CAC

C . . . . . .

90

ACT

CAG

GCC

ACC

AAC

GAT

CCC

CCT

GAG

GTG

I00

ACC

GTG

TTT

CCC

AAG

GAG

CCT

GTG

GAG

CTG

DPAI*0102

.

DPAI'0201

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. .

. .

.

.

.

.

.

. .

. .

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

G

.

-

.

.

.

--T

ii0 AAC

ACC

DPAI*0103

CTC

.

DPAI*0102

.

. .

. .

ATC .

.

TGC

. .

. .

CAC

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. .

. .

. .

120

ATT

GAC

AAG

TTC

TTC

CCA

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

CCA .

.

. .

GTG .

CTC

.

.

. .

AAC .

.

. .

GTC .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. .

. .

. .

.

.

TGG . .

CTG

TGC

.

.

.

.

.

.

.

.

AAC

.

.

.

.

. .

GGG . .

. .

GAG

CTG

GTC

ACT

.

.

.

.

.

. .

.

. .

.

. .

.

GAG .

.

. .

GGT .

.

. .

GTC .

.

.

. .

GCT .

.

.

AGC

CTC

.

.

.

GAG

.

.

.

. . ***

. . ,,,

. . **, ***

G **,

. . ***

. . . . . ,*, ,,* ***

.

. ***

. . ,**

. ***

***

A ***

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T ***

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,,,

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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . *,* ,** **, ,** *** ,11 *** ,1,

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***

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***

***

*'*

***

***

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***

"**

CCC

AGA

ACA

GAT

TAC

AGC

TTC

CAC

AAG

TTC

CAT

TAC

CTG

ACC

TTT

GTG

CCC

TCA

GCA

GAG

GAC

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TAT

GAC

TGC

AGO

GTG

GAG

CAC

TGG

GGC

TTG

DPAI*0301

*'*

***

DPAI'0101

TTC

CTG

DPAI*0103

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPAI*0102

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPAI'0201

.

DPAI*0101

GAC

140

.

.

.

150

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

160

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

180 CAG

CCC

. . ,,,

. . . *** ,**

.

CAG

.

,,,

.

GGC

130

ACG .

.

DPAI*0201 DPAI*Q2021

.

AAC

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

80 TTG

AAC

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

TTG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPAI*0103

.

.

.

70 ACC

.

.

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

AAT

.

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

TTG

.

60

CAA

DPAI*0301

AAC

CA . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . .

.

DPAI*0103

GTG

CA ........

.

DPAI*02022 DPAI*O401

.

. .

40

DPAI*0101

TAT

CA . . . . . .

**"

.

. . . . . . . . . .

.

*** "'"

.

C

.

"** ***

.

. . . . . . .

.

DPAI*02021 DPAI'02022

DPAI*0101

TTC

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CCG

CTC

CTC

AAG

CAC

TGG

GAG

GCC

.

.

.

.

170

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

190 CAA

GAG

CCA

ATC

CAG

ATG

CCT

GAG

ACA

ACG

200 GAG

ACT

GTG

CTC

TGT

GCC

CTG

GGC

CTG

GTG

CTG

GGC

CTA

GTC

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPAI*0102

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPAI*0201

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

210 GTG

GGC

ACC

220 GTC

CTC

ATC

ATA

AAG

TCT

CTG

CGT

TCT

GGC

230

DPAI*0101

GGC

TTC

ATC

DPAI*0103

---

A

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CAT

GAC

CCC

CGG

GCC

CAG

GGG

ACC

CTG

TGA

DPAI*0102

.4_

A

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPAI*0201

---

A

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPAI*02022

***

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***

***

***

***

***

"**

***

*'*

***

***

***

***

"**

***

***

***

***

***

***

***

"'*

DPAI*0301

***

**"

*'*

***

**"

***

***

***

***

***

***

***

***

***

**"

"**

*'*

***

**"

***

*'"

"**

***

***

***

***

***

***

***

G

14

S . G . E . Marsh and J. G. Bodmer

DPB1 Sequences 1

I0 GCC

. . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*02012

.

DPBI*0202

***

*.*

***

DPBI*0301

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

DPBI*0401

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

C

T

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*0402

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

C

T

-T

.

DPBI*0501

***

***

***

***

***

***

***

C

T

-T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*0601

***

.4.

**~

***

***

***

***

DPBI*0801

***

***

**"

***

***

***

***

DPBI*0901

***

***

***

***

***

***

***

DPBI*I001

***

***

.4.

***

***

***

***

__

DPBI*II01

***

***

***

***

***

***

***

. . . . . . .

DPBI*I301

***

***

***

***

***

***

***

. . . . . . .

TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*I401

***

***

***

***

***

***

***

DPBI*I501

.4.

***

***

***

***

***

***

DPBI*I601

***

***

***

***

***

**"

***

C-T

-T .

DPBI*I701

***

***

***

***

***

**"

***

--

C--

DPBI*IS01

***

***

***

***

***

***

***

DPBI*I901

***

***

***

***

***

***

***

DPBI*2001

***

***

***

***

DPBI*2!01

***

***

***

*

DPBI*2201

***

***

***

*. . . . . . . . .

C

T

-T

DPBI*2301

.4.

*.*

**.

*

. . . . . . . .

C

T

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*2401

***

***

***

.

.

C-T

DPBI*2501

***

***

***

*

. . . . . . . . . . . . .

DPBI*2601

***

***

***

***

DPBI*2701

***

***

***

*.

.

.

.

.

CCA

.

GAG

.

.

.

***

AAT

.

.

***

TAC

.

GTG

TAC

C-T

-T . . . . . . . .

C

***

*4* .

.

T

-T

.

GGA

.

TT

.

.

. . . . . . . C-T

.

.

.

.

.

---

.

.

DPBI*2901

***

***

***

*

DPBI*3101

***

***

***

*

DPBI*3201

***

***

***

*

. . . .

DPB!*3601

***

***

***

*

.

.

.

.

.

.

TTC

GAC

AGC

AAT

GGG

ACA

CAG

CGC

TTC

CTG

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

AGA

TAC

ATC

TAC

AAC

CGG

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

GAG

TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

TT

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.

TT .

.

.

.

.

.

.

C .....

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

TT

. .

. .

. .

. .

.

.

.

.

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.

C . . . .

.

.

.

.

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

-T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

-T

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

.

.

TT

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

TT

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C-T

-T .

.

.

.

.

.

.

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.

.

C-T

-T .

.

.

.

.

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.

GTG

. ...............

TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

. .

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.

TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

GGG

GAG

TTC

CGG

GCG

GTG

ACG

GAG

60

DPBI*0101

TAC

GCG

DPBI*02011

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*02012

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*0202

CT-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

AG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*0301

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A-

DPBI*0401

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*0402

-T---T

CTG

GGG

CGG

DPBI*0501

CT-

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CCT

GCT

GCG

GAG

--C

TAC

TGG

AAC

AGC

CAG

AAG

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

GAC

ATC

C

CTG

GAG

-A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

AG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*0601

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A-

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*0901

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A-

DPBI*I001

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*II01

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

--C

--C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C ...........

DPBI*I301

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*I401

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

A-

-A-

--C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C ........... C ...........

DPBI*I601

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*I701

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A-

--C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*I801

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*I901

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

AG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*2001

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A-

DPBI*2101

CT-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

AG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*2201

CT-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

AG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*2301

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*2401

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

AG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*2501

-T-

A-

-A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*2601

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*2701

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*2901

-T-

DPBI*3101

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A

--C

GAG

.........

A-

DPBI*0801

DPBI*I501

GAG

.

TT

50 GAC

GAG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

40 CGC

TTT

C . . . .

. . . . . . . . . .

.

GCG

TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . .

. . . . . . .

.

TAC

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C

*** .

TGC

C .....

C-.

.

***

GAA

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

--

. . . . . . . . . . . . . . . .

***

CAG A

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

. . . . . . . . . . . . .

.

CGG

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C-T .

CAG

30

AGG

DPBI*02011

.

ACT

20

DPBI*0101

. . . . . . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . .

C . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A-

--C

. . . . . . . . . . . . . . . . . . .

C . . . . . . . . . . C ...........

DPBI'3201

-T-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-

-A-

DPBI*3601

CT-

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

AG

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

-T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

HLA Class II Nucleotide Sequences, 1992

15

DPBI Sequences 70

80

CGG

GTA

TGC

GCC

GTG

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G-

G-

C--

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G . . . .

T

DPBI*02012

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G-

-G-

C--

A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G . . . . . .

T

DPBI*0202

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*0301

.

DPBI*0401

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

.

.

.

GTG

.

.

CCG

.

.

.

GAC

.

.

.

AGG

.

A-G .

.

.

.

DPBI*0402

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-G

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-G

DPBI*0801

CAC

AAC

TAC

GAG

CTG

GAC

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

A-G

DPBI*0601

AGA

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

GAG

G-

.

.

.

-G

.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

C .

.

-

.

ACC

CTG

100

AAG

DPBI*02011

.

GCA

90

DPBI*0101

CAG

CGC

A . . . . . . . . .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

G-

-G

C

A .

.

.

.

.

.

G-

-G

C--

A .

.

.

.

.

.

***

.

.

.

.

.

.

CGA

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

CAG

***

*~*

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

CCT

.

.

.

AAG

*** .

.

.

GTG

***

.

.

.

.

AAC

***

.

.

G .

.

.

.

TCC

.

***

***

***

.

T

G . . . . . .

TCC

. . . . . . . . ***

.

.

CCC

. . . . . . . .

**" .

.

GTT

. . . . . . . .

T

.

.

.

.

.

.

.

***

***

***

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***

***

***

***

***

***

***

***

C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

***

***

*'*

***

***

***

***

***

***

***

***

DPBI*I501

-G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T-

-G-

C

A . . . . . . . . .

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DPBI*I801

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

~G-

C--

A . . . . . . . . .

***

"**

***

***

*'*

***

***

***

***

***

***

***

DPBI*2001

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

**

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DPBI~2201

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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***

***

***

***

***

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***

***

***

DPBI'2301

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G-

~G-

C--

A . . . . . . . . . . . . .

**

***

***

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***

***

***

***

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***

DPBI~2401

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A-G

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

G-

-G-

C--

A . . . . . . . . . . . . . . .

**

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DPBI*2501

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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***

***

***

***

***

***

***

***

DPBI'2601

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

**

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DPBI*2901

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

A

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

***

.

.

GTC

-

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T . . . . . . . . . . .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

***

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***

***

***

***

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***

GAG

GAA

***

***

***

***

***

***

***

***

. . . . . . . . . . . . *** .

DPBI*0401

. . . . . . . . . . . .

T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*0402

. . . . . . . . . . . .

T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*0501

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

"**

***

"**

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DPBI*0601

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

***

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***

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***

***

***

*** .

*** .

.

.

.

AAC

CTG

CTT

GTC

TGC

CAC

GTG

ACA

*** .

.

*** .

.

.

*** .

.

.

*** .

.

*** .

.

.

*** .

.

.

*** .

.

*** .

.

.

*** .

.

.

*** .

.

G

*** .

.

GAT G

T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

.

.

.

.

.

.

120

CAC

T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

*** .

.

.

***

DPBI*0301

.

.

***

DPBI*0202

.

.

***

DPBI*02012

.

.

***

. . . . . . . . . . . .

.

.

***

AAG

.

.

***

DPBI*02011

110

. .

***

DPBI*0101

CAC

. .

***

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CAG

. .

***

A-G

CTG

. .

***

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CCC

.

***

DPBI*3601

C-

A .

***

. . . . . . . . . . . . . . . . . . .

GGG

.

***

.

A-G

AAG

.

**

A-G

G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

-G-

.

**

. . . . . . . . .

DPBI*3201

G-

.

**

DPBI*3101

.

*** .

.

.

.

.

.

.

***

. G G

.

130

TTC

.

TAC

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

***

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

GGC

.

.

***

.

.

CCA .

.

.

.

. .

***

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

AGC .

.

.

.

.

.

.

.

ATT .

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

***

.

.

.

.

.

.

.

CGA

.

*** .

.

GTC

.

***

.

.

CAA

.

.

***

.

.

.

.

***

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

***

.

.

. .

TGG

.

. .

.

.

.

. .

.

.

***

. .

TTC

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

***

.

.

CTG .

.

AAT . .

***

. . .

.

. .

.

.

GGA .

.

.

.

.

*** .

.

.

. . .

. . .

CAG

.

.

.

.

.

.

.

.

***

***

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. .

DPBI*0801

***

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***

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***

DPBI*0901

***

***

***

***

***

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DPBI*I001

***

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***

***

DPBI*II01

***

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***

***

***

***

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***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

DPBI*I301

***

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***

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***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DPBI*I401

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

***

***

***

***

***

DPBI'I501

***

***

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***

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DPBI*I601

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***

DPBI*I701

***

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DPBI*I801

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***

***

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***

***

***

***

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***

***

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***

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***

***

***

***

***

***

D P B I * 1 9 0 1

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

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***

***

***

***

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***

***

D P B I * 2 1 0 1

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

D P B l * 2 2 0 1

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

**"

***

***

***

***

***

***

***

***

*'*

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

D P B l * 2 3 0 1

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

**"

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

D P B l * 2 4 0 1

***

***

***

*'*

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

*'*

***

***

D P B l * 2 5 0 1

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

*'*

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

D P B l * 2 9 0 1

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

D P B l * 3 6 0 1

***

***

***

***

***

***

***

***

*'*

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

16

S . G . E . Marsh and J. G. Bodmer

DPBI Sequences ~4o GCT

GGG

GTC

~5o GTG

TCC

ACC

AAC

CTG

ATC

CGT

AAT

GGA

~6o

GAC

TGG

ACC

TTC

CAG

ATC

CTG

GTG

ATG

CTG

GAA

~7o

DPBI*0101

ACA

DPBI*02011

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

ATG

ACC

CCC

CAG

CAG

GGA

GAC T

GTC

. . . . . . .

TAC

ATC C-

DPBI*02012

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

. . . . . . .

C-

DPBI*0301

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*0401

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

. . . . . . .

C-

DPBI*0402

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

. . . . . . .

C-

DPBI*0801

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

***

***

***

***

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***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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DPBI*0901

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

***

***

***

DPBI*I001

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

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***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

DPBI*II01

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

***

***

***

***

***

***

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***

***

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***

***

DPBI*I301

***

***

***

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***

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***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

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***

***

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***

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***

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***

***

***

***

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***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

***

CCT

GTC

GTG

GAG

TGG

AAG

GCA

CAG

TCT

GAT

TCT

GCC

CAG

GGC

TTC

DPBI*I401 DPBI*I501 DPBI*I601 DPBI*IT01 DPBI*I801 DPBI*I901 DPBI*2001 DPBI*2101 DPBI*2201 DPBI*2301 DPBI*2401

DPBl*2501 DPBI*2601 DPBI*2701 DPBI*2801 DPBI*2901 DPBI*3101

180 DPBI*0101

TGC

DPB]*02011

.

DPBI*02012

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

DPBI*0202

***

DPBI*0301 DPBI*0401

CAA

.

.

.

GTG .

.

***

GAG

.

.

.

***

CAC .

.

***

ACC

.

.

***

.

AGC .

***

.

.

CTG .

***

GAC

.

***

ACC

200

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

T

***

190

AGT T

.

.

.

***

.

.

***

.

.

.

***

.

.

**"

.

.

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DPBI*3601

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HLA Class II Nucleotide Sequences, 1992

17

DPBI Sequences DPBI*0101 DPBI*02011 DPBI*02012 DPBI*0202 DPBI*0301 DPBI*0401 DPBI*0q02 DPBI*0501 DPBI*0601 DPBI*0801 DPBI*0901 DPBI*I001 DPBI*II01 DPBI*I301 DPBI*I401 DPBI*I501 DPBI*I601 DPBI*I701 DPBI*IS01 DPBI*I901 DPBI*2001 DPBI*2101 DPBI*2201 DPBI*2301 DPBI*2401 DPBI*2501 DPBI*2601 DPBI*2701 DPBI*2901 DPBI*3101 DPBI*3201 DPBl*3601

210 220 230 GTG C T G CGC CTC ATC ATC TGT GGA GTG GGC ATC TTC A T G CAC AGG A G G AGC AAG A A A GTT C A A C G A G G A TCT G C A TAA .............................................................................. ............................................................................... .............................................................................. .............................................................................. ..............................................................................

REFERENCES 1. Bodmer JG, Marsh SGE, Albert ED, Bodmer WF, Dupont B, Erlich HA, Mach B, Mayr WR, Parham P, Sasasuki T, Schreuder GMT, Strominger JL, Svejgaard A, Terasaki PI: Nomenclature for factors of the HLA system, 1991. Hum Immunol 34:4, 1992. 2. Bodmer JG, Marsh SGE, Albert ED, Bodmer WF, Dupont B, Erlich HA, Mach B, Mayr WR, Parham P, Sasasuki T, Schreuder GMT, Strominger JL, Svejgaard A, Terasaki PI:

Nomenclature for factors of the HLA system, 1990. Hum Immunol 31:186, 1991. 3. Bodmer JG, Marsh SGE, Parham P, Erlich HA, Albert E, Bodmer WF, Dupont B, Mach B, Mayr WR, Sasasuki T, Schreuder GMT, Strominger JL, Svejgaard A, Terasaki PI: Nomenclature for factors of the HLA system, 1989. Hum Immunol 28:326, 1990. 4. Marsh SGE, Bodmer JG: HLA class II nucleotide sequences, 1991. Hum Immunol 31:207, 1991.